原子力顯微鏡WY-6800AFM是WY-6600AFM的升級，增加了針對標記區域掃描提供準確的定位系統及磁力模塊，因而掃描范圍更廣，定位更精確。

原子力顯微鏡WY-6800AFM主要功能特點：
硬件系統 
1、光機電一體化設計，外形結構簡單；
2、掃描探頭和樣品臺集成一體，抗干擾能力強；
3、精密激光檢測及探針定位裝置，光斑調節簡單，操作方便；
4、采用樣品趨近探針方式，使針尖垂直于樣品掃描；
5、伺服馬達手動或自動脈沖控制，驅動樣品垂直接近探針，實現掃描區域精確定位；
6、高精度大范圍的樣品移動裝置，可自由移動感興趣的樣品掃描區域；
7、高精度大范圍的壓電陶瓷掃描器，根據不同精度和掃描范圍要求選擇；
8、帶光學定位的CCD觀測系統，實時觀測與定位探針掃描樣品區域；
9、采用伺服馬達控制CCD自動對焦功能；
10、模塊化的電子控制系統設計，便于電路的持續改進與維護；
11、集成多種掃描工作模式控制電路，配合軟件系統使用。
軟件系統 
1、可觀測樣品掃描時的表面形貌像、振幅像和相位像；
2、具備接觸、輕敲、相位、摩擦力、磁力或靜電力工作模式；
3、可自由選擇圖像采樣點為256×256或512×512；
4、多通道圖像同步采集顯示，實時查看剖面圖；
5、多種曲線力-間距(F-Z)、頻率-RMS（f-RMS）、RMS-間隙（RMS-Z）測量功能；
6、可進行掃描區域偏移、剪切功能，任意選擇感興趣的樣品區域；
7、可任意選擇樣品起始掃描角度；
8、激光光斑檢測系統的實時調整功能；
9、針尖共振峰自動和手動搜索功能；
10、可任意定義掃描圖像的色板功能；
11、支持樣品傾斜線平均、偏置實時校正功能；
12、支持掃描器靈敏度校正和電子學控制器自動校正；
13、支持樣品圖片離線分析與處理功能。