光學顯微鏡和電子顯微鏡在原理上存在顯著的不同，這主要體現在它們的照明源、透鏡、成像原理以及樣品制備方式上。

光學顯微鏡的工作原理主要基于光的折射、反射和干涉現象。當光線通過物鏡與待觀察物體接觸時，會發生側向散射。這些散射光線經過物鏡的光學路徑，折射和反射，最終匯集到焦平面上形成明亮的像。這個像再由目鏡放大，供觀察者觀察。光學顯微鏡的照明源是可見光，其物鏡是由玻璃磨制而成的光學透鏡。在成像原理上，光學顯微鏡中樣品的物像以亮度差呈現，這是由于被檢樣品的不同結構吸引光線多少的不同所造成的。

而電子顯微鏡則使用電子槍產生的電子流作為照明源，其波長遠短于光波波長，因此電子顯微鏡的放大及分辨率顯著地高于光學顯微鏡。在電子顯微鏡中，電子束進入樣品后，會與樣品原子或分子相互作用，并發生不同的散射、折射、吸收等現象，從而獲得圖像信息。電子顯微鏡的物鏡是電磁透鏡，其成像原理是基于電子束在樣品中的散射情況。由于樣品的不同部位對電子有不同的散射度，因此樣品電子像以濃淡呈現。此外，電子顯微鏡觀察所用組織細胞標本的制備程序較復雜，技術難度和費用都較高。

總的來說，光學顯微鏡和電子顯微鏡在原理上的主要區別在于它們使用的照明源、透鏡類型、成像方式以及樣品制備的復雜性。這些差異使得它們在科學研究和技術應用中各自具有的優勢和適用范圍。